计算机工程学院成立于2014年，其前身是1997年组建的计算机科学与技术系，是安徽三联学院成立最早的系部之一。
学院现设有计算机科学与技术、网络工程、物联网工程、软件工程、数据科学与大数据技术、数字媒体技术（该专业于2020年起停招）6个本科专业和计算机网络技术（该专业于2021年起停招）1个高职专业，全日制在校生2000余人。其中，计算机科学与技术专业于2014年获批为省级综合改革试点专业。
学院建有计算机组成、软件实习实训、综合布线、单片机、嵌入式、程序设计、数据库、物联网、移动互联、大数据等17间专业实验室，拥有计算机网络技术重点实验室、信息化与云服务研究中心、省级示范软件技术实习实训中心等。
近5年，教师中获省级优秀教师2人、省级教坛新秀2人，获省级教学成果一等奖1项、二等奖1项、三等奖3项；主持教科研项目170余项，公开发表论文200余篇，获专利12项，编写应用型教材22部，其中获评省级优秀教材1部。
学院着力培养学生的应用能力、创新意识和创新能力，积极鼓励和支持学生参加“挑战杯”、“蓝桥杯”、智能汽车、机器人、物联网、信息安全、数学建模等多项学科专业竞赛，成立有大学生创新实验室、各种学科专业竞赛兴趣小组。近5年，学生主持三级大创项目199余项，获得各类学科专业竞赛奖230余项，其中国家级一等奖3项，二等奖9项，三等奖14项，省级一等奖31项，二、三等奖126项。
在二十多年的建设发展过程中，学院始终坚持产学研结合，逐步形成了以就业为导向、以开展学科专业竞赛活动为抓手的应用型人才培养模式。近年来，学院就业率始终保持在95%以上，大多数毕业生留在省会合肥及长三角地区工作，人才培养质量得到了诸如科大讯飞、科大智能、安徽晶奇、合肥联宝、合肥凌翔、三联交通、芜湖凡臣、江苏微软等众多单位的高度认可。
